目前，世界各國在水處理實踐中，普遍存在于藻類問題，藻類含量高時會影響混凝和沉淀，增加混凝劑量；堵塞濾池，縮短濾池過濾周期；致臭并產(chǎn)生藻毒素，和氯作用形成氯化消毒副產(chǎn)物，降低飲用水安全性。
臭氧發(fā)生器處理作用之一是溶裂藻細胞，二是殺藻，使死亡的藻類易于被后續(xù)工藝去除。臭氧發(fā)生器可作為除藻的一種預處理設備，它和常規(guī)處理及其它技術配合使用，是處理富營養(yǎng)化水源水藻類問題的有效途徑之一。藻毒素正成為藻類污染的另一重點，在一定條件下，臭氧發(fā)生器可有效去除某些藻毒素，具體去除率主要取決于臭氧投加量，其次取決于原水水質(zhì)(藻毒素類型、有機物性質(zhì)及濃度、堿度等)。
       在使用臭氧發(fā)生器處理含藻類的水之后，測試結(jié)果表明，利用臭氧發(fā)生器處理30分鐘，含40－50萬個/ml單胞藻及原生動物的海水以后，再用顯微鏡觀察，發(fā)現(xiàn)其所有的原生動植物呈爆炸性死亡。把經(jīng)過水處理臭氧機處理的海水繼續(xù)培養(yǎng)兩個星期以后，檢驗測時，仍未發(fā)現(xiàn)任何生物，且水質(zhì)清澈透明。取赤潮海水，進行30分鐘臭氧處理后，紅色赤潮海水被氧化變?yōu)榘咨该?，水中夜光蟲全部被殺死，且呈粉碎狀。

      臭氧發(fā)生器采用混凝法除藻時應根據(jù)藻的種類選擇藥劑。去除硅藻時可單獨投加硫酸鋁，去除綠藻一般需要預氧化，預加氯時其去除率約為95%～98%，無預氯化時其平均去除率為85%(如果考慮到預加氯會產(chǎn)生三鹵甲烷，也可以用其他氧化劑)。藍、綠藻會產(chǎn)生臭味，甚至含有毒素，并且會分泌黏液造成配水管網(wǎng)中出現(xiàn)后絮凝現(xiàn)象，此種分泌物又可能轉(zhuǎn)化為三鹵甲烷母體，因此是水處理中較難去除的藻類，也是多數(shù)富營養(yǎng)化水體中主要生長的藻類，它對混凝劑投量的調(diào)整極為敏感。

另外，藻類代謝產(chǎn)生的有機物對絮凝和過濾也有影響，其原因是該有機物中的酸性物質(zhì)與混凝劑(鐵鹽或鋁鹽)的水解產(chǎn)物發(fā)生反應，生成的表面絡合物附著在絮體顆粒表面，阻礙了顆粒相互碰撞，因此必須增加混凝劑的投量補償由于表面絡合物的形成對顆粒脫穩(wěn)和絮凝造成的影響。